Los organismos de relevancia internacional recomiendan la incorporación de nuevos modelos educativos, entre ellos, está el aula invertida. El aula invertida es un nuevo modelo educativo que puede ayudar a mejorar los procesos de enseñanza-aprendizaje, a través delas tecnologías educativas (TE). La literatura especializada del aula invertida señala que existe investigación empírica sobre la percepción de que el alumnado tiene del aula invertida. Sin embargo, se necesita investigación sobre las limitaciones que puede presentar el aula invertida al ser aplicado en diferentes contextos. El objetivo de este trabajo fue analizar las limitaciones que se pueden presentar al aplicar el aula invertida a un grupo en un contexto de clases tradicionales. Se llevó a cabo un método fenomenológico hermenéutico. El aula invertida se desarrolló con el método del ciclo de desarrollo de excelencia educativa. Participó un grupo de la asignatura de Parasitología, de la Licenciatura de Medicina Veterinaria y Zootecnia, Facultad de Ciencias Naturales, Universidad Autónoma de Querétaro. Los resultados analizaron cuatro principales limitaciones. Estas son: 1) En el aula invertida el alumno necesita tener conocimiento de algunas TE; 2) Si se aplica a alumnos receptores-memorizadores les puede parecer inapropiado el modelo; 3) El aula invertida no fomenta en su totalidad la competencia de memorización; 4) No cuenta con un modelo o instrumento adecuado de evaluación. En conclusión, antes de aplicarse el modelo del aula invertida se deben considerar las limitaciones para que, realmente, pueda ayudar a mejorar los procesos de enseñanza-aprendizaje y proponerse modelos de evaluación adecuados.